1. akt
Historien begynder i april 1975 i "Dreamland" en snusket vietnamesisk klub. Det er kort før Saigons fald.
Kim er en 17 årig forældreløs pige lige ankommet til Saigon. Det er hendes første dag "på arbejde" som barpige og hun modtages af Engineer , den sleske ejer af "Dreamland".
Backstage er pigerne i gang med at gøre klar til aftenens show og de morer sig over Kims naivitet. (Overture)

Amerikanske soldater og vietnamesiske prostituerede holder fest i klubben (The heat is on in Saigon). Soldaterne ved godt at krigen i Vietnam synger på sidste vers og de slår sig løs en sidste gang.
Sergent Christopher Scott er en ung desillusioneret US marine og han finder stemningen i klubben modbydelig. Chris bliver opfordret til at finde en pige af sin ven John. Pigerne konkurrerer om titlen som Miss Saigon og i deres iver for at vinde titlen er de meget udfordrende overfor soldaterne. Vinderen af titlen bliver bortloddet til en af soldaterne. Kim introduceres til soldaterne og Chris bliver ramt af hendes uskyldighed. Gigi Van Trahn bliver Miss Saigon og udloddes til en soldat for en nat. Hun beder soldaten om at tage hende med til USA. Han siger nej og bliver voldelig overfor hende. Scenen "fryser" mens barpigerne reflekterer over deres drøm om et bedre liv (Movie in my mind).
John taler med Engineer og køber jomfruen Kim til Chris for en nat (The transaction) . Kim er bange og genert - det er hendes første kunde som prostitueret. Hun introducerer dog sig selv for Chris og de danser. Chris vil betale Kim for at forlade klubben for altid og vende tilbage hvor hun kom fra . Enggineer blander sig i den tro, at Chris ikke er tilfreds med Kim, hvilket får Chris til at gå med til Kim værelse (The dance).

Chris sidder i sengen og betragter den sovende Kim. Han undrende over at han først møde Kim nu, hvor han er på vej til at forlade Vietnam (Why God why). Kim vågner og Chris vil betale hende, men hun siger nej til pengene. Det er første gang hun er i seng med en mand og det skal ikke sælges (This money´s yours). Chris er dybt berørt og det bliver ikke mindre da Kim fortæller ham at hun er forældreløs. Chris fortæller hende, at hun ikke behøver at sælge sin krop - hun skal blive sammen med ham. Kim er overvældet og de erklærer hinanden deres kærlighed (Sun and Moon).
Chris fortæller John at han tager orlov for at være sammen med Kim. John advarer ham om at Viet Cong er ved at få kontrollen over Saigon og at amerikanerne er ved at sende folk ud af Saigon før den endelige evakuering af byen. På trods af dette lover John modvilligt at dække over Chris så han kan få nogle dage sammen med Kim (The telephone song). Chris møder Engineer for at handle Kim fri af kontrakten, men Engineer prøver i sidste øjeblik at presse Chris til at skaffe et visum til USA . Chris nægter og truer Engineer til at hold fast i den originale plan for "frigivelse" af Kim (The Deal).

Barpigerne holder en "bryllupsceremoni" for Chris og Kim (Dju Vui Vai), hvor Gigi skåler for Kim og kalder hende den rigtige Miss Saigon. Under festlighederne kommer Thuy, som er Kims fætter. En fætter som hendes forældre lovede hende til da hun var 13 år gammel. Han kommer nu for at hente hende. Thuy er i mellemtiden blevet officer i den Nordvietnamesiske Folkehær. Han bliver gal da han finder Kim sammen med Chris (Thuy´s arrival). De to mænd står nu overfor hinanden med dragne pistoler. Kim siger til Thuy at deres arrangerede ægteskab fra da de var børn ikke gælder længere. For det første fordi Kims forældre begge er døde og for det andet føler hun intet for ham længere. Thuy bliver rasende på dem alle og stormer ud af døren. Chris fortæller Kim at han inden længe vil forlade Vietnam, men han lover at tage Kim med til USA. Chris og Kim omfavner hinanden og de husker begge tilbage på den aften, hvor de mødtes i klubben (Last night of the world).

Historien bevæger sig nu frem til 1978 i Saigon, som nu hedder Ho Chi Mihn City. Der er gang i en stor festival for at fejre 3 år dagen for foreningen af Nord- og Sydvietnam og sejren over USA (Morning of The Dragon). Thuy, som er blevet kommissær i den nye regering, har givet ordre til sine soldater om at finde Engineer, der stadig er lige så korrupt og slesket som han altid har været. Det selvom han har været sendt i genopdragelseslejr af det nye kommunistiske regime. Thuy giver Engineer ordre til at finde Kim og få hende tilbage til ham.

Kim har levet skjult i et fattigkvarter. Hun er stadig vildt forelsket i Chris og tror på at han en dag kommer tilbage til Vietnam og redder hende. Samtidig ser vi Chris i sengen med hans nye amerikanske kone Ellen. Pludselig rejser Chris sig op i sengen og skriger Kims navn. Ellen trøster ham og får ham til at sove igen. Begge kvinder udtrykker deres hengivenhed til Chris - fra hver deres side af jorden (I still belive).

Engineer finder Kim og bringer Thuy til hende. Thuy beder hende komme med ham og blive hans kone. Kim nægter og chokerer Thuy med at vise ham Tam, hendes toårige søn som hun har sammen med Chris. Thuy kalder Kim en forræder og Tam en fjende. Han prøver, at dræbe Tam med en kniv. Kim finder en pistol og føler sig presset til at skyde Thuy for at redde sin egen søn (You will not touch him). Thuy dør og Kim flygter med Tam (This is the hour).

Kim flygter hen til Engineer og fortæller ham hvad hun har gjort (If you want to die in bed). Engineer nægter at hjælpe hende - indtil han hører at Tams far er amerikaner (Let me se his western nose). Engineer ser ham som en adgangsbillet til USA. Han siger til Kim at han fra nu af er drengens onkel og har vil arrangere, at kim og Tam kommer til Bangkok. Kim sværger til Tam, at hun vil give ham et bedre liv end det de har nu. Kim, Tam og Engineer kommer med et flygtningeskib (I´d give my life for you).


2. Akt

1978 I Atlanta Georgia. John arbejder for en hjælpeorganisation, hvis arbejde det er at forene Bui-Doi (børn der er blevet undfanget under Vietnam-krigen og som er blevet efterladt i landet) med deres fædre i USA. John taler ved en konference, hvor han og andre veteraner gør opmærksom på problemet (Bui Doi). Efter konferencen trækker John Chris til side og fortæller ham at Kim er stadig i live. Chris bliver utrolig glad for at høre at Kim er i live. Han har længe haft mareridt om hendes død. John fortæller også Chris at Kim har et barn og at det er Chris´s søn. Det bliver meget kompliceret for Chris, da han ikke har fortalt Ellen om Kim. John prøver at få Chris til at rejse til Bangkok sammen med Ellen for at møde Kim. Kort før de rejser fortæller Chris Ellen om Kim (The Revelation).

1978, Bangkok. Engineer er blevet reduceret til 10 cents hustler, hvis arbejde består i at få turisterne ind på nogle af de snaskede værtshuse. Kim arbejder et af disse steder som danser (What a waste). Chris, Ellen og John er rejset til Bangkok for at finde Kim. John finder hende og Kim bliver utrolig lykkelig for at høre at Chris er i Bangkok. John kan ikke få sig selv til at fortælle hende at Chris er gift med Ellen. Kim er jublende for at hun nu skal med Chris til USA. John er berørt af Kims trofasthed, og han kan ikke få sig selv til at fortælle hende sandheden. Han lover at bringe Chris til Kim (Please).

Da John er gået for at hente Chris foreslår Engineer , at Kim selv opsøger Chris for at være sikker på at Chris ikke svigter hende, som han gjorde den nat da Saigon faldt. Kim får et forfærdeligt flashback til natten da Saigon faldt (Kims Nightmare)

Saigon, 1975. Kim og Chris planlægger at flygte fra Vietnam sammen. Viet Cong er på vej og Saigon er vildt kaotisk. Chris bliver kaldt til ambassaden. Han beder Kim om at gøre sig klar til at rejse og samtidigt siger han, at der er masser af tid inden en eventuel evakuering.
Så snart Chris kommer til ambassaden bliver porten lukket og der kommer ordre fra Washington om en total evakuering af de tilbageværende amerikanere. Ambassadøren beordrer at der ikke må komme flere vietnamesere ind på ambassadens grund.
Kim kommer til ambassadeporten sammen med en masse andre skrækslagne vietnamesere, som alle desperat prøver at finde en vej ud af landet. Chris kalder på Kim, men hun hører ham ikke. Han prøver at komme ud i mængden for at hente hende, men bliver forhindret i det. Chris bliver sendt med den sidste helikopter, der forlader Saigon. Kim ser til, mens helikopteren med Chris forlader ambassadens tag. Kim forsikrer om sin kærlighed til Chris. Da helikopteren forlader ambassadens tag hører man Chris skrige Kims navn (The fall of Saigon).

1978, Bangkok. Kim er lykkelig. Hun tager sin "brudekjole" på (Sun and Moon: Reprise). Hun skal møde Chris - tror hun. Hun går til Chris' hotel, og på hans værelse finder hun Ellen. Ellen er tvunget til at fortælle Kim, at hun er Chris' kone. Kim bliver chokeret og meget ked af det. Kim nægter at tro på Ellen, da hun nægter at tage Tam med til USA til et bedre liv med hans far. Så forsvinder alt, hvad Kim har drømt om og troet på ville ske en dag. Hun kræver, at Chris selv skal fortælle hende disse ting ansigt til ansigt (Room 317). Ellen har medlidenhed med Chris, men på trods er hun fast besluttet på at beholde Chris, så de kan få deres egne børn (Now that I´ve seen her). Chris kommer tilbage til hotelværelset uden at have fundet Kim. Han bliver forfærdet, da Ellen giver ham et ultimatum - hende eller Kim. Chris forsikrer Ellen om hans kærlighed, og fortæller hende om sit tidligere liv i Vietnam. De erklærer hinanden deres kærlighed og bliver enige om, at Kim og Tam skal blive i Bangkok med finansiel hjælp fra dem. John advarer dem om, at Kim ikke vil acceptere, at Tam skal blive i Thailand (The confrontation). Kim lyver for Engineer, og fortæller ham at de snart skal til USA (Paper Dragons). Engineer forestiller sig livet i USA (The american dream).

Kim siger til Tam, at han skal være glad for, at han nu har en far. Hun siger at Tam ikke må glemme hende, og at hun vil altid være hos ham (The sacred bird/ Little God of my heart).
Efter at have sagt farvel til Tam går Kim ind bag et gardin og skyder sig selv. Ved lyden af et skud farer Chris, Ellen, Engineer og John ind i værelset, og finder Kim døende på gulvet. Chris holder Kim i sine arme og spørger forfærdet, hvorfor hun har skudt sig selv. Kim beder Chris om at holde om hende en sidste gang. I mens høres temaet fra (Sun and Moon) i baggrunden. Med sine sidste kræfter gentager hun ordene fra da de mødtes første gang. "How in one night have we come so far". Kim dør i Chris´s arme.